Les cylons, robots humanoïdes créés par les humains et dont ils sont devenus les ennemis jurés, ont complètement disparu de l'univers connu depuis la signature d'une trêve depuis une quarantaine d'années. Durant ce répit, les humains ont reconstruit leurs mondes (les Douze Colonies), créant de nouveaux vaisseaux et vivant désormais dans une certaine insouciance du passé. Le vieux battlestar Galactica, qui a rendu de fiers services lors de la première guerre contre les cylons, est sur le point d'être démilitarisé et transformé en musée.

C'est le moment que choisissent les cylons pour réapparaître, dotés de nouvelles technologies qui leur permettent de ravager à nouveau les douze colonies humaines. Protégé des virus informatiques ennemis par son obsolescence, seul l'antique Galactica parvient à résister à l'attaque et devient ainsi l'unique escorte militaire d'une flotte spatiale hétéroclite regroupant les derniers survivants de l'humanité. Afin de se donner un nouvel espoir, la flotte de réfugiés part alors en quête d'une mythique treizième colonie qui porterait le nom de « Terre » tandis que, les cylons se lancent à leur poursuite, déterminés à les exterminer.

Dans les années 70, l'Allemagne est la proie d'attentats à la bombe meurtriers. La menace terroriste et la peur de l'ennemi intérieur ébranlent les fondements mêmes d'une démocratie encore fragile.
Sous la conduite d'Andreas Baader, Ulrike Meinhof et Gudrun Ensslin, une nouvelle génération radicalisée entre violemment en guerre contre ce qu'ils perçoivent comme le nouveau visage du fascisme : l'impérialisme américain soutenu par les membres de l'establishment allemand, dont certains ont un passé de nazi. Leur objectif est de créer une société plus humaine. Mais en employant des moyens inhumains, en répandant la terreur et en faisant couler le sang, ils perdent leur propre humanité.
L'homme qui les comprend est aussi celui qui les pourchasse : le chef de la police allemande, Horst Herold. Et même s'il réussit à capturer les jeunes terroristes, Herold sait qu'il ne s'agit que de la partie émergée de l'iceberg...

En 1982, Ari Folman a vingt ans, et fait son service militaire dans l'armée de son pays. En 2006, il rencontre un ami de cette époque qui lui raconte ses cauchemars, liés à l'opération Paix en Galilée. Folman se rend compte qu'il n'a pas de souvenirs de cette époque. Mais, le soir même, il rêve d'un épisode du massacre de Sabra et Chatila, dont il ne sait pas s'il a réellement eu lieu. Dans son souvenir, il se revoit, avec quelques autres soldats israéliens, se baigner, puis, tous squelettiques, sortir de l'eau, dans la baie de Beyrouth, sous la lumière des fusées éclairantes qui explosent au dessus de la ville.

Il enquête alors sur cette époque, pour savoir ce qui s'est réellement passé pendant la guerre, plus spécialement à Sabra et Chatila où l'armée israélienne a laissé se produire le massacre de palestiniens par les milices chrétiennes libanaises. Le questionnement sur la culpabilité devient alors le thème central de l'œuvre utilisant entre autre une approche psychanalytique d'analyse des rêves^[1]. Le film se termine sur des images documentaires réelles, filmées par la télévision britannique lors du massacre dans les camps de réfugiés palestiniens.